2014年研究生招生，北京林業大學計劃招收碩士研究生1230 余名，其中學術型碩士研究生760 余名，碩士專業學位研究生約470 余名。北京林業大學除工商管理碩士、旅游管理碩士外，其他學科專業均可接收推薦免試攻讀碩士研究生或博士研究生（直博生，僅限學術型）。

北京林業大學現有4個一級學科博士學位授權點和5個一級學科碩士學位授權點，35個二級學科博士學位授權點、73個二級學科碩士學位授權點，以及3個碩士專業學位授權點。建有林學、生物學、林業工程、農林經濟管理4個博士后流動站。2007年重點學科評估中，學校的林學一級學科被認定為國家重點學科，包括森林培育、水土保持與荒漠化防治、林木遺傳育種、園林植物與觀賞園藝、野生動植物保護與利用、森林保護、森林經理學七個二級科專業，同時木材科學與技術和植物學兩個二級學科被評為國家級重點學科，學校還擁有12個省部級重點學科。博士、碩士點覆蓋農學、工學、理學、文學、管理學、經濟學、哲學、法學、教育學9個學科門類和26個一級學科。學校現有研究生導師416名，其中中國工程院院士5人，國家和省部級有突出貢獻專家32人，國家“百千萬人才工程”人選及長江學者特聘教授等多人。

為提高研究生培養質量，學校實施了十個“研究生教育創新工程”，主要包括研究生生源擴展、研究生教育資源開發、研究生自選課題資助、優秀博士論文建設等。博士論文4人次入選教育部“全國百篇優秀博士論文”，研究生15人次榮獲風景園林與建筑國際設計大獎。